数据处理：永远保留原始文件的副本

那次教训

2023 年，我有一批 LAMMPS 模拟的轨迹文件。为了节省空间，我把原始 dump 文件用脚本压缩后直接覆盖。三个月后审稿人要求提供原始能量-步数曲线，我只保留了平滑后的图。

重跑模拟花了六天。那篇论文的修回也推迟了两周。从那以后，我对原始数据有了近乎偏执的尊重。

血泪清单

• 永远不要在原始文件上直接处理。复制一份到 processed/ 目录再动手。
• 脚本和数据分离。把处理脚本单独放在 scripts/，不要和数据混在一起。
• 保留生成图形的代码。用 PicAxe 调好的图，也要保存对应的绘图脚本。审稿人要求改颜色时，你能一键重出。
• 原始数据不上传到临时云盘。本地加备份。云盘链接会失效，原始数据不会重生。
• 每次运行 LAMMPS Assistant 前备份输入文件。参数改坏了可以回滚。

我的目录结构

project/raw/ 只读。
project/processed/ 可写。
project/scripts/ 版本控制。
project/figures/ 自动生成。

硬盘空间很便宜，重跑模拟很贵。原始数据是科研的底片，丢了就什么都没了。